生信分析常用工具介绍-anaconda

Anaconda是一款可以安装在Linux/Unix系统上的开源的包管理器。它不仅可以让各种包/软件的下载变得简单，而且还能管理和搭建不同的环境，避免包与包之间的版本冲突。例如，有的包需要在python2.7的环境下运行，而有的包需要在python3.0环境下运行，我们可以用condacreate-nRNAseq(#环境名)python=3.0（依赖的环境版本）搭建好所需要的环境，然后condainstallXXX下载需要的包/软件。  

但，我们如何使用上anaconda呢？  

下载anaconda ，联系本站客服

根据自己电脑/服务器类型复制下载链接地址，然后cd<path>进入可以安装anaconda的文件夹，在文件夹下使用wget下载地址,例如：wgethttps://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-MacOSX-x86_64.sh命令下载包。下载好后，ls查看文件下的文件，出现以.sh结尾的文件。例如Anaconda3-2022.10-MacOSX-x86_64.sh。  

安装anaconda  

安装之前先用chmod777Anaconda3-2022.10-MacOSX-x86_64.sh给执行权限。  

随后，bashAnaconda3-2022.10-MacOSX-x86_64.sh运行文件。  

然后一路回车+yes。  

运行anaconda  

cdanaconda3/bin进入anaconda3文件夹下的bin文件夹。sourceactivate激活一下。  

使用conda-h查看conda是否安装成功。如果没有安装成功显示：conda:commandnotfound;如果安装成功，则会显示conda的使用说明。  

环境的构建  

使用condacreate-nDeseq2建立环境后需要使用condaactivateDeseq2(环境名字)来激活我们构建的环境。然后再在该环境中下载所需要/依赖的包/软件。  

退出环境的话使用condadeactivate就好，不需要输入环境名字。  

condaremove-nDeseq2--all移除环境。  

包/软件的安装  

包/软件安装之前，可以在网站上查询是否可以使用conda安装：https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/。也可以使用condasearchXXX来确定。  

下载时使用condainstallXXX或者conda-cbiocondaxxx来安装包。需要指定包的版本号则用condainstallXXX=0.03.21。  

condalist查看当前环境下已安装好的包/软件们。  

如果想要删除环境下的包/软件，使用condaremoveXXX。